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POPAmphibien
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En bref
Le protocole
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Les mailles à prospecter
Découvrez notre visualisation interactive des mailles à étudier dans le cadre du programme POPAmphibien et POPReptile.
Filtrez par groupe, type de maille ou région, explorez les zones à prospecter, et suivez l’avancée collective de la prospection à l’échelle nationale.
Les plateformes régionales
Où saisir vos données ?
La saisie des données POPAmphibien se fait via les plateformes GeoNature régionales. Découvrez notre carte interactive, afin de connaître la plateforme de saisie des données à utiliser selon votre localisation. N’oubliez pas de prendre contact avec les géomaticiens précisés sur la carte afin d’obtenir les accès à la plateforme qui vous concerne.
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Pour toute question relative à la mise en œuvre du protocole ou aux analyses de données :
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Nous avons rassemblé une base complète de documents scientifiques et pédagogiques autour du projet POPAmphibiens.
Ce catalogue interactif filtrable vous permet d’accéder facilement aux publications et outils les plus pertinents.
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Foire aux questions
Je souhaite mettre en place un suivi POPAmphibien, mais je ne sais pas où. Comment faire ?
Nous avons une stratégie d’échantillonnage pour cibler de manière prioritaire des mailles. Quand vous voulez mettre en place un suivi, nous vous mettons en contact avec les coordinateurs régionaux pour vous aiguiller sur les emplacements où mettre en œuvre un nouveau suivi.
Qu’est-ce qu’une aire ?
Une « aire » est une zone géographique d’intérêt que l’on souhaite suivre, incluant plusieurs sites aquatiques, dont l’étendue est définie par la durée totale de la sortie sur le terrain (entre 3h et 4h maximum pour visiter tous les sites d’une aire). Une aire doit être définie avec une certaine homogénéité paysagère (c’est-à-dire que les sites présents au sein d’une aire doivent être similaires en termes d’entité paysagère, par exemple un ensemble de sites en zone forestière).
Comment faire entrer des sites pionniers dans les suivis ?
Concernant, les sites pionniers comme les prairies inondées, les marais, les ornières forestières, etc. nous proposons de regrouper ces sous-sites (réseau d’ornières, de flaques…) en sein d’un polygone de moins d’un hectare, que l’on considérera comme un site POPAmphibien. Dans ce cas, on peut localiser le site sur GeoNature avec un polygone ou au centroïde de cette géométrie.
Qu’est-ce qu’un site ?
Un « site » est défini comme étant un habitat aquatique potentiellement favorable à la reproduction des amphibiens (une mare, un étang, un fossé, une zone humide, etc.). L’emplacement des sites est fixé définitivement pour les futurs suivis. Un site en assec dès le deuxième passage risque d’impacter le taux de détection des espèces potentiellement présentes. Il convient donc d’identifier des sites qui soient les plus permanents possibles, afin de ne pas impacter ce taux de détection.
À quel moment dois-je réaliser les passages ?
Les passages sont à réaliser lorsque les conditions météorologiques sont favorables aux amphibiens. Le premier passage est à réaliser de jour (mais un passage en soirée est également possible). Le deuxième passage est quant à lui plutôt à réaliser de nuit (ou en soirée), et le troisième est à réaliser de jour de nouveau. Lors de chaque passage, il faut privilégier les fins d’après-midi ou débuts de soirée lorsque la température est relativement douce (> 8°C) et qu’il pleut. Cela favorisera la rencontre avec les amphibiens. Dans le cadre du protocole POPAmphibien « Communauté », les passages sont à réaliser une fois tous les deux ans, sur la période de janvier à juin (premier passage en janvier-février, deuxième passage en mars-avril et troisième passage en mai-juin).
Quelles données dois-je renseigner ?
Lors des passages, pour chaque site, vous devez renseigner : le nom de l’aire et du site suivi ; la date ; l’heure de début et l’heure de fin du passage ; l’observateur et son expertise associée (débutant, intermédiaire ou expert) ; le numéro du passage ; l’accessibilité ou non du site ; les espèces observées et leur dénombrement. Par ailleurs, sur le premier passage de l’année, nous vous demandons aussi l’état du site et s’il y a eu des travaux connus (restauration de mare, dégradation d’habitat, …). Si vous arrêtez le suivi pour des raisons de travaux, nous vous demandons de bien renseigner au moins ce premier passage ! Vous avez aussi la possibilité d’indiquer des informations complémentaires facultatives, par exemple le sexe ou le stade de vie pour chaque espèce observée, ou des commentaires.
Qu'en est-il des variables météorologiques ?
Les données météorologiques ne sont plus collectées : en effet, elles étaient inexploitables dues à l’hétérogénéité de la prise de mesure. La SHF étudie la faisabilité d’exploiter la base Météo France, pour avoir des informations uniformes au niveau national.
Un de mes sites est inaccessible (propriété privée, ronciers empêchant l’accès, …), dois-je le sortir de mon suivi ?
S’il est possible de s’approcher du site et de détecter certaines espèces à l’écoute (anoures), le site peut rester dans le suivi. Il n’est toutefois pas idéal de maintenir le suivi partiel d’un site. Il conviendra donc de tenter d’obtenir l’autorisation du propriétaire pour l’accès au site lors des passages suivants. Si vraiment le site reste inaccessible, alors ce dernier devra être exclu du suivi. L’inaccessibilité d’un site est un élément à indiquer lors de la saisie du passage.
Case à cocher sur le module POPAmphibien
Un de mes sites est accessible mais comblé, dois-je le sortir de mon suivi ?
Oui. Étant comblé, ce site n’est plus considéré comme un habitat favorable à la reproduction des amphibiens. Généralement, vous vous en rendrez compte lors du premier passage de l’année : c’est à ce moment là qu’il faudra indiquer que le site a été détruit dans le formulaire de saisie du passage.
Case à cocher sur le module de saisie POPAmphibien afin de spécifier la destruction du site
Une fois cette information renseignée, il est inutile de retourner sur ce site lors des passages suivants. Il conviendra plutôt de tenter de trouver un autre site potentiellement favorable aux amphibiens dans l’aire considérée. Le site peut par ailleurs être réintégré au suivi s’il bénéficie d’une restauration (même plusieurs années après). Vous pourrez alors renseigner, là encore, à travers le premier passage, la restauration du site et la date (si connue) des travaux effectués.
Une mare a été créée dans mon aire, dois-je l’intégrer à mon suivi ?
Oui. Tous les habitats favorables d’une aire doivent être suivis lors des passages (un site favorable manquant au suivi pourrait héberger la quasi-totalité des individus de votre aire, et vous pourriez donc passer à côté). Un nouveau site doit alors être créé dans le module de saisie.
Mon aire contient des réseaux de sites assez variables d'une année sur l'autre (sites pionniers, zone marécageuse etc.). Dois-je systématiquement ajouter chaque site en eau ?
Ce cas est l’exception à la règle « un point d’eau » = « un site ». Il vaut mieux rattacher à un seul site POPAmphibien un réseau cohérent de points d’eau. Ainsi, vous aurez un réseau pionnier d’un hectare maximum = 1 site. Ce site peut être représenté par un point au centroïde du réseau ou par un polygone sur l’application de saisie.
Lors de mon dernier passage, tous mes sites étaient à sec. Dois-je refaire un passage supplémentaire ?
Non. Si vous avez réalisé vos 3 passages, il n’est pas nécessaire de refaire un quatrième passage. Toutefois, si vos sites sont trop souvent en assec lors des années de passage, il convient d’adapter : soit vos dates de passages et les programmer plus tôt ; soit vos sites et arrêter le suivi sur ces habitats devenus au fil de temps défavorables aux amphibiens. Dans ce dernier cas, merci de nous l’indiquer.
Où saisir mes données POPAmphibien ?
Désormais, la saisie des données POPAmphibien se fait exclusivement sous GeoNature. Nous n’acceptons plus la réception de données sous format Excel. Reportez-vous à la section dédiée à la saisie des données sur la page POPAmphibien du site internet de la SHF pour savoir sur quelle plateforme GeoNature vous êtes invité à saisir vos données (en fonction de votre localisation).
J'ai saisi mes données sur les outils Faune ou dans un outil de saisie des données régional, la SHF peut-elle y avoir accès ?
Seuls les outils GeoNature proposés sur la page dédiée au POPAmphibien du site internet de la SHF permettent de bancariser proprement les données issues des protocoles POPAmphibien.
Comment nommer les aires et les sites sous GeoNature ?
La nomenclature suivante est recommandée :
- Nom de l’aire : à votre appréciation. Si vous n’avez pas d’idée, vous pouvez indiquer « DD_lieudit » où « DD » est le numéro de département et « lieudit » le nom du lieu dit (par exemple « 87_VigenSail ») ;
- Nom du site : « X_zoneA » où « X » est le numéro du site et « zoneA » est une information complémentaire (par exemple « 1_Marais », « 2_Lavoir», etc.).
Avec la bancarisation des données sous GeoNature, ces noms peuvent être modifiés (si et seulement si toutes les données ont été bancarisées sur cet outil).
Je reprends un suivi POPAmphibien et ne sais pas si l'aire existe, comment procéder ?
- faisant une recherche géographique (par recherche de lieu sur la commune d’intérêt) ;
- recherchant l’aire par nom.
Est-il possible d'utiliser l'ADN environnemental plutôt que les méthodes de détection proposées ?
Aujourd’hui, l’ADNe est une méthode encore coûteuse, non fiable à 100% qui ne remplace pas les relevés effectués directement sur le terrain. En revanche, cette approche est étudiée par la SHF dans le cas d’espèces très difficiles à détecter, notamment en Outre-mer.
Je me suis trompé dans ma saisie : comment la corriger ?
Il existe deux cas de figure :
- Vous avez la possibilité d’éditer votre saisie. Pour ce faire, cliquez sur le bouton d’édition de ce que vous voulez corriger. Par exemple, si vous voulez faire une correction sur la saisie d’un passage, rendez-vous sur le passage concerné, puis vous verrez le bouton « Éditer le passage » . Vous pouvez alors modifier les informations saisies. Si le bouton d’édition est grisé, vous ne disposez pas des droits nécessaires. Contactez alors le géomaticien de votre plateforme de saisie.
Bouton « Éditer le passage » sur le module de saisie POPAmphibien
- Vous voulez supprimer totalement votre saisie. En fonction de la plateforme GeoNature sur laquelle vous saisissez, vous pouvez ou non disposer de l’autorisation de suppression des données que vous avez saisies. Si le bouton « supprimer » n’apparaît pas ou est grisé lors de l’édition de vos saisies, vous n’avez pas les droits pour les supprimer. Il faut alors vous rapprocher du gestionnaire de votre plateforme GeoNature. Pour savoir qui contacter, reportez vous à page dédiée au POPAmphibien sur le site internet de la SHF. Indiquez alors ce que vous voulez supprimer (nom d’aire, nom du site, passage concerné, observation concernée). Si possible, joignez une impression d’écran et/ou l’URL de ce que vous voulez supprimer
Bouton « Supprimer le passage » sur le module de saisie POPAmphibien
Je trouve la saisie sur GeoNature très chronophage. Par exemple, c’est pénible de devoir saisir pour chaque site les différentes visites. Est-il prévu des améliorations sur ce point ?
Nous sommes conscients que la saisie des données est chronophage et faisons tout notre possible pour la rendre la plus simple et accessible possible. Aujourd’hui, le module utilisé sous GeoNature ne permet pas de faire des saisies d’un même passage sur un ensemble de sites, sans devoir retaper les informations. Nous savons pourtant que c’est un cas d’usage très fréquent. Aussi, nous l’avons signalé à la communauté GeoNature pour demander un développement à ce sujet. Nous espérons que cette requête aboutira et permettra de rendre notre outil plus performant et plus facile pour vous. Cependant, si vous désirez accélérer votre saisie, il est recommandé de saisir tous les passages sur un même site à la suite (et donc d’attendre d’avoir fait les 3 passages demandés pour saisir les données), à l’aide du bouton « enchaîner les relevés ». Celui-ci permet de saisir tous les passages sur un même site, en conservant les informations de : le jeu de données ; l’observateur ; l’expertise. Toutes les autres informations changent, d’un passage à l’autre (date, horaires, accessibilité potentielle, etc) et sont donc à renseigner.
Je n’ai pas détecté d’amphibiens lors de mon passage, dois-je tout de même le renseigner ?
Oui. Chaque passage, même sans « observation » (un 0 est une observation statistique), doit impérativement apparaître dans les données saisies. Dans GeoNature, nous vous demandons systématiquement, après avoir saisi votre passage, de cliquer sur « Ajouter une nouvelle observation ou une absence » et de saisir une absence. Un manque d’informations concernant un passage risquerait de rendre vos données inexploitables dans les analyses.
Bouton « Ajouter une nouvelle observation » sur le module de saisie POPAmphibien
Case à cocher pour spécifier une absence sur le module de saisie POPAmphibien
Je n’ai pas pu identifier l’amphibien que j’ai observé à l’espèce : que dois-je saisir ?
Dans nos analyses, nous utilisons uniquement les données à l’espèce, à l’exception des données pour les espèces du genre Pelophylax, rapportées au genre. Il est donc recommandé de saisir à l’espèce. Nous permettons également une saisie au genre, car en fonction des localités, nous pouvons parfois en déduire l’espèce observée. Si toutefois, vous n’avez pas pu du tout identifier l’amphibien, nous préférons que vous ne notiez pas le taxon : en effet, une donnée de présence d’« Amphibia » est inexploitable dans nos analyses.
J’ai observé un amphibien mais je ne le trouve pas dans la liste des taxons saisissables sur GeoNature : comment procéder ?
Si l’amphibien n’est pas disponible dans la liste de saisie, c’est que l’espèce n’est pas identifiée comme présente en région, ou pas identifiée comme susceptible d’être rencontrée lors des suivis réalisées à l’aide du protocole POPAmphibien « Communauté ». Vous pouvez alors nous informer de la présence de cet amphibien, en écrivant à geomaticien@lashf.org et à audrey.trochet@lashf.org.
J’ai observé une espèce qui n’est pas un amphibien, lors de mon suivi POPAmphibien. Dois-je renseigner la donnée ?
Les suivis POPAmphibien sont dédiés à la détection des espèces d’amphibiens. Il n’est donc pas possible de renseigner d’autres taxons dans le module GeoNature dédié à ce protocole. Vous pouvez cependant, si vous le souhaitez, bancariser ces informations auprès d’une structure régionale, dans un jeu de données opportuniste. S’il s’agit d’herpétofaune (reptiles), vous pouvez aussi demander l’accès au jeu de données opportuniste de la SHF pour saisir vos données dans notre GeoNature.
J’ai vu deux amphibiens de la même espèce, mais ceux-ci avaient des sexes / stades de vie différents : comment saisir au mieux ces observations ?
Nous n’utilisons pas les informations de stade de vie ni de sexe dans les analyses. Aussi, s’il est plus simple et plus rapide pour vous de ne saisir qu’une observation et d’indiquer en commentaire les spécificités vues, c’est une possibilité. Cependant, ces informations pourraient être utiles dans d’autres projets. Or, les champs « commentaires » sont rarement exploités. Les informations de sexe et de stade de vie peuvent être bancarisées plus proprement dans des champs dédiés : si vous avez le temps, il vaut donc mieux saisir une observation par stade de vie et sexe rencontré.
J’ai observé des pontes de grenouilles ou de crapauds. Comment les saisir ?
Dans le stade de vie, vous pouvez sélectionner : « oeuf » : ce stade de vie est à comprendre comme un nombre de pontes comptées ou estimées. « tétard » : ce stade de vie est à comprendre comme un nombre de têtards, et sera donc souvent une estimation.
Champ à compléter pour préciser le stade de vie dans le module de saisie POPAmphibien
Je réalise un passage avec deux méthodes d'observation : à vue et par épuisette. Dois-je saisir deux passages différents ?
Non, il ne faut saisir qu’un unique passage, avec les deux méthodes d’observation. Toutes les observations doivent être rassemblées.
Je réalise une pose de nasse en soirée le jour J, mais je ne la relève qu'à J+1. Dois-je saisir deux passages différents ?
Non, il ne faut saisir qu’un unique passage, en saisissant par exemple le jour J (heure de début correspond à la pose de la nasse et heure de fin correspondant à la fin de la détection à vue et à l’écoute ce soir là). Vous pouvez indiquer en commentaire que le relevé des nasses a été fait le lendemain.
Toutes les observations doivent être rassemblées.
Je voudrais saisir mes données sur mon téléphone mobile. Est-ce possible ?
Une application est en cours de développement pour pouvoir saisir les données protocolées POPAmphibien sur téléphone Android.
Elle sera testée en 2026 pour un déploiement visé en 2027. Encore un peu de patience.
Puis-je saisir mes données sur Faune / Naturalist ?
Non, il n’est pas possible aujourd’hui de saisir les données protocolées car il n’existe pas de formulaire spécifique aux suivis POP sur Naturalist. Nous espérons pouvoir les faire développer à terme, mais en attendant, veuillez saisir les données uniquement sous GeoNature.
Comment et quand sont analysées les données recueillies ?
Tous les deux ans, la SHF coordonne les analyses des données POPAmphibien. Ces analyses permettent d’obtenir les tendances nationales des populations des amphibiens de France, tendances actualisées régulièrement grâce à la compilation constante de nouvelles données. Dans certaines régions bénéficiant de suivis réguliers depuis plusieurs années, des tendances régionales sont également obtenues. L’ensemble des données recueillies participe donc à l’obtention des tendances nationales et régionales des amphibiens de France hexagonale et de Corse.
Dois-je exporter mes données POPAmphibien et les envoyer à la plateforme SINP de ma région ?
Il n’est pas nécessaire de faire cette manipulation, car la SHF se charge chaque année de faire remonter les données POPAmphibien qu’elle gère au SINP national. Les plateformes régionales font de même vers le SINP régional.
Par ailleurs, cela risquerait d’entraîner des doublons, ce qui n’est pas souhaité.
