Le programme POPReptile : des outils pour la surveillance des populations de reptiles



Objectif

Le programme de surveillance des populations de reptiles de France s’inscrit dans le cadre du programme de surveillance de la biodiversité terrestre porté par PatriNat et l’OFB.

Les protocoles POPReptile permettent d’obtenir les tendances de populations nationales des espèces cibles listées dans les protocoles.

Comment faire ? C’est très simple !

  • Prenez contact avec votre coordinateur régional (contacts également disponibles dans le protocole).
  • Téléchargez le protocole que vous souhaitez mettre en œuvre en fonction de votre territoire.

Des questions sur le protocole ? Consultez l’onglet FAQ.

Où saisir vos données POPReptile ?

La saisie des données POPReptile est fortement recommandée sur les outils GeoNature disponibles en région (la saisie sous format Excel est vouée à disparaitre prochainement).

Attention ! Les données protocolées POPReptile ne doivent pas être saisies dans les plateformes classiques du SINP (perte de certaines métadonnées). Pour plus d’informations, contactez geomaticien@lashf.org.

Quelques consignes de saisie :

  • Il est très important de saisir un passage même si aucun reptile n’a été observé pendant la visite (indiquez au niveau de « présence de reptiles » : « non » dans le module).
  • La disponibilité du site (création d’une nouvelle mare, comblement d’une mare suivie, etc.) doit également être renseignée.

Retrouvez ci-dessous le replay du webinaire POPAmphibien & POPReptile de septembre 2024.

Une nouvelle édition de ce webinaire se tiendra le mardi 18 mars 2025 de 14h à 17h.
Lien de connexion : https://us02web.zoom.us/j/86383896445?pwd=5zCHJPuszRn2hs27WpT1rDFKDKUbr4.1 (code secret : 126596)


Plateformes de saisie des données par région

Régions

Contacts pour la saisie

Plateformes de saisie recommandées

pour les données POPReptile

Auvergne-Rhône-Alpes

coordination.auvergne@lashf.org OU

coordination.ra@lashf.org

GeoNature LPO AURA

(module POPReptile)

Bourgogne-Franche-Comté

coordination.bourgogne@lashf.org OU

coordination.fc@lashf.org ET

geomaticien@lashf.org

GeoNature SHF

(module POPReptile)

Bretagne

coordination.bretagne@lashf.org

GeoNature Bretagne Vivante

(module POPReptile)

Centre-Val de Loire

coordination.cvdl@lashf.org ET

geomaticien@lashf.org

GeoNature SHF

(module POPReptile)

Corse

coordination.corse@lashf.org ET

geomaticien@lashf.org

GeoNature SHF

(module POPReptile)

Grand Est

coordination.alsace@lashf.org OU

coordination.lorraine@lashf.org OU

coordination.ca@lashf.org ET

geomaticien@lashf.org

GeoNature SHF

(module POPReptile)

Hauts-de-France

coordination.npdc@lashf.org OU

coordination.picardie@lashf.org ET

geomaticien@lashf.org

GeoNature SHF

(module POPReptile)

Ile-de-France

coordination.idf@lashf.org

GeoNature ARB IdF

(module POPReptile)

Normandie

coordination.normandie@lashf.org ET

geomaticien@urcpie-normandie.com

GeoNature URCPIE Normandie

(module POPReptile)

Nouvelle-Aquitaine

coordination.aquitaine@lashf.org OU

coordination.pc@lashf.org OU

coordination.limousin@lashf.org ET

geomaticien@lashf.org

GeoNature SHF

(module POPReptile)

Occitanie

coordination.lr@lashf.org ET

coordination.mp@lashf.org ET

j.maruejouls@natureo.org

GeoNat’Occitanie

(module POPReptile)

Pays de la Loire

coordination.pdl@lashf.org ET

geomaticien@lashf.org

GeoNature SHF

(module POPReptile)

Provence-Alpes-

Côte d’Azur

coordination.paca@lashf.org ET

geomaticien@lashf.org

GeoNature SHF

(module POPReptile)

Si vous rencontrez des difficultés dans la saisie de vos données, veuillez contacter geomaticien@lashf.org.

Calendrier

Pour plus d’informations, contactez-nous à l’adresse popamphibien@lashf.org !

Le programme POPReptile est développé avec le concours des six structures suivantes :
Société herpétologique de France, Réserves Naturelles de France, Office national des Forêt, Union nationale des centres permanents d’initiatives pour l’environnement, Centre d’écologie fonctionnelle & évolutive de Montpellier et Centre d’études biologiques de Chizé

Chaque année, la SHF actualise les tendances de populations des reptiles de France. Cette mise à jour passe par l’acquisition et la compilation des nouvelles données de suivis, réalisées sur l’ensemble des territoires, et également sur le développement de modèles statistiques complexes pour l’analyse de ces données.

Pour toute question, contactez la responsable scientifique (audrey.trochet@lashf.org).

Tendances de populations 2023

Bilan 2023 du programme POPReptile regroupant les tendances de populations nationales pour les espèces les plus communes présentes en Hexagone (de 2015 à 2023), ainsi que pour certaines espèces bénéficiant de protocoles spécifiques

Télécharger le bilan 2023

Tendances de populations 2022

Bilan 2022 du programme POPReptile regroupant les tendances de populations nationales pour les espèces les plus communes présentes en Hexagone (de 2015 à 2022).

Télécharger le bilan 2022

1. Mise en place du protocole

Une « aire » est une zone géographique d’intérêt que l’on souhaite suivre, incluant plusieurs transects propices aux reptiles, dont l’étendue est définie par la durée totale de la sortie sur le terrain (entre 3h et 4h maximum pour visiter tous les transects d’une aire). Une aire doit être définie avec une certaine homogénéité paysagère (c’est-à-dire que les transects présents au sein d’une aire doivent être similaires en termes d’entité paysagère, par exemple un ensemble de transects en zone bocagère).

Un « transect » est défini comme étant un trajet linéaire (compris entre 60 et 150 mètres, adaptable à différents contextes paysagers) sur lequel pourront être placées plusieurs plaques à reptiles. La pose de plaques n’est pas obligatoire, mais si vous souhaitez en mettre en place, nous recommandons d’en installer 4 sur le transect, espacées de 20 à 50 mètres. L’emplacement des transects est fixé définitivement pour les futurs suivis. Au sein d’une même aire, les transects sont espacés d’au moins 50 mètres.

Les passages sont à réaliser lorsque les conditions météorologiques sont favorables aux reptiles. Lors de journées ensoleillées, évitez les périodes trop chaudes (> 25°C) en commençant les prospections plus tôt en début de journée. Lors de journées à météorologie variable (alternance nuages et soleil) ou en période orageuse, réaliser les prospections tout au long de la journée.

Six passages doivent être réalisés chaque année, sur une période de 1 à 2 mois, de mars à juin, selon un intervalle de 4 jours minimum entre deux passages, pour couvrir l’ensemble des périodes d’activité des reptiles ciblés. Les dates de passages ne sont pas fixes, et sont à définir en fonction des spécificités régionales et des conditions météorologiques. Il est préférable d’étendre la période au-delà des 2 mois plutôt que de faire des passages lorsque les conditions météorologiques ne sont pas favorables.

Lors des passages, pour chaque transect, vous devez renseigner :

  • le nom de l’aire et du transect suivi ;
  • la date ;
  • l’heure de début et l’heure de fin du passage ;
  • l’observateur et son expertise associée (débutant, intermédiaire ou expert) ;
  • le numéro du passage ;
  • l’accessibilité ou non du transect ;
  • les espèces observées et leur dénombrement.

Par ailleurs, sur le premier passage de l’année, nous vous demandons aussi l’état du transect et s’il y a eu des travaux connus (restauration ou dégradation d’habitat, …). Si vous arrêtez le suivi pour des raisons de travaux, nous vous demandons de bien renseigner au moins ce premier passage ! Vous avez aussi la possibilité d’indiquer des informations complémentaires facultatives, par exemple le sexe ou le stade de vie pour chaque espèce observée, ou des commentaires.

S’il est momentanément inaccessible, vous pouvez l’indiquer au moment de la saisie du passage et le conserver. Il n’est toutefois pas idéal de maintenir le suivi partiel d’une aire. Il conviendra donc de tenter d’obtenir l’autorisation du propriétaire pour l’accès au transect lors des passages suivants. Si vraiment le transect reste inaccessible, alors ce dernier devra être exclu du suivi.

Case à cocher sur le module de saisie POPReptile

Oui. Étant dégradé, le transect n’est plus considéré comme un habitat favorable à l’observation des reptiles. Généralement, vous vous en rendrez compte lors du premier passage de l’année : c’est à ce moment-là qu’il faudra indiquer que le transect a été détruit dans le formulaire de saisie du passage.

Case à cocher sur le module de saisie POPReptile afin de spécifier la destruction du site

Une fois cette information renseignée, il est inutile de retourner sur ce transect lors des passages suivants. Il conviendra plutôt de tenter de trouver un autre transect potentiellement favorable aux reptiles dans l’aire considérée. Le transect peut par ailleurs être réintégré au suivi s’il bénéficie d’une restauration (même plusieurs années après). Vous pourrez alors renseigner, là encore, à travers le premier passage, la restauration du transect et la date (si connue) des travaux effectués.


2. Saisie des données dans GeoNature

Désormais, la saisie des données POPReptile se fait quasi-exclusivement sous GeoNature. Nous n’accepterons bientôt plus la réception de données sous format Excel. Reportez-vous au tableau disponible sur https://lashf.org/popreptile/, onglet « Présentation », pour savoir sur quelle plateforme GeoNature vous êtes invité à saisir vos données (en fonction de votre localisation).

À ce jour, les plateformes régionales SINP ne permettent pas de bancariser intégralement les données protocolées issues des protocoles POPReptile. Il est donc fortement recommandé de ne pas saisir les données du POPReptile sur ces plateformes (elles s’y trouvent dégradées et inexploitables pour les analyses). Seuls les outils GeoNature proposés dans le tableau disponible sur https://lashf.org/popreptile/ permettent de bancariser proprement les données issues des protocoles POPReptile.

Les noms donnés aux aires et aux transects sont définitivement fixés pour toute la durée du suivi. Tout changement de nom entraîne des complexités dans l’analyse. Si vous aviez déjà faits des suivis au préalable, merci de bien saisir scrupuleusement les noms historiques. Si vous mettez en place de nouveaux suivis, nous préconisons de suivre la nomenclature qui suit :

  • Nom de l’aire : à votre appréciation. Si vous n’avez pas d’idée, vous pouvez indiquer le nom de la commune / du lieu-dit ;
  • Nom du transect : « trX » où « X » est le numéro du transect (par exemple « tr1 », «tr2 », etc.) avec la possibilité d’ajouter une info complémentaire sous la forme « trX_zoneA ».

Il existe deux cas de figure :

  • Vous avez la possibilité d’éditer votre saisie : pour ce faire, cliquez sur le bouton d’édition de ce que vous voulez corriger. Par exemple, si vous voulez faire une correction sur la saisie d’un passage, rendez-vous sur le passage concerné, puis vous verrez le bouton « Éditer le passage ». Vous pouvez alors modifier les informations saisies.
Bouton « Éditer le passage » sur le module de saisie POPReptile
  • Vous voulez supprimer totalement votre saisie. En fonction de la plateforme GeoNature sur laquelle vous saisissez, vous pouvez ou non disposer de l’autorisation de suppression des données que vous avez saisies. Si le bouton « supprimer » n’apparaît pas lors de l’édition de vos saisies, vous n’avez pas les droits pour supprimer vos saisies. Il faut alors vous rapprocher du gestionnaire de votre plateforme GeoNature. Pour savoir qui contacter, reportez-vous au tableur disponible en ligne ici : https://lashf.org/popreptile/, onglet « Présentation ». Indiquez alors ce que vous voulez supprimer (nom d’aire, nom du transect, passage concerné, observation concernée). Si possible, joignez même une impression d’écran et/ou l’URL de ce que vous voulez supprimer.
Bouton « Supprimer » sur le module de saisie POPReptile

Nous sommes conscients que la saisie des données est chronophage et faisons tout notre possible pour la rendre la plus simple et accessible possible. Aujourd’hui, le module utilisé sous GeoNature ne permet pas de faire des saisies d’un même passage sur un ensemble de transects, sans devoir retaper les informations. Nous savons pourtant que c’est un cas d’usage très fréquent. Aussi, nous l’avons signalé à la communauté GeoNature pour demander un développement à ce sujet. Nous espérons que cette requête aboutira et permettra de rendre notre outil plus performant et plus facile pour vous. Cependant, si vous désirez accélérer votre saisie, il est recommandé de saisir tous les passages sur un même transect à la suite (et donc d’attendre d’avoir fait les 6 passages demandés pour saisir les données), à l’aide du bouton « enchaîner les relevés ».

Bouton « Enchaîner les relevés » sur le module de saisie POPReptile

Celui-ci permet de saisir tous les passages sur un même transect, en conservant les informations suivantes :

  • le jeu de données ;
  • l’observateur ;
  • l’expertise.

Toutes les autres informations changent, d’un passage à l’autre (date, horaires, accessibilité potentielle, etc) et sont donc à renseigner.

 

Oui. Chaque passage, même sans « observation » (un 0 est une observation statistique), doit impérativement apparaître dans les données saisies. Dans GeoNature, nous vous demandons systématiquement, après avoir saisi votre passage, de cliquer sur « Ajouter une nouvelle observation ou une absence » et de saisir une absence. Un manque d’informations concernant un passage risquerait de rendre vos données inexploitables dans les analyses.

Bouton « Ajouter une nouvelle observation ou une absence sur le module de saisie POPReptile
Case à cocher pour spécifier une absence sur le module de saisie POPReptile

Dans nos analyses, nous utilisons uniquement les données à l’espèce. Il est donc recommandé de saisir à l’espèce. Nous permettons également une saisie au genre, car en fonction des localités, nous pouvons parfois en déduire l’espèce observée. Si toutefois, vous n’avez pas pu du tout identifier le reptile, nous préférons que vous ne notiez pas le taxon : en effet, une donnée de présence de « Squamata » est inexploitable dans nos analyses.

Si le reptile n’est pas disponible dans la liste de saisie, c’est que l’espèce n’est pas identifiée comme présente en région, ou pas identifiée comme susceptible d’être rencontrée lors des suivis POPReptile. Vous pouvez alors nous informer de la présence de ce reptile, en écrivant à geomaticien@lashf.org et à audrey.trochet@lashf.org.

Les suivis POPReptile sont dédiés à la détection des espèces de reptiles. Il n’est donc pas possible de renseigner d’autres taxons dans le module GeoNature dédié à ce protocole. Vous pouvez cependant, si vous le souhaitez, bancariser ces informations auprès d’une structure régionale, dans un jeu de données opportuniste. S’il s’agit d’herpétofaune (amphibiens), vous pouvez aussi demander l’accès au jeu de données opportuniste de la SHF pour saisir vos données dans notre GeoNature.

Nous n’utilisons pas les informations de stade de vie ni de sexe dans les analyses. Aussi, s’il est plus simple et plus rapide pour vous de ne saisir qu’une observation et d’indiquer en commentaire les spécificités vues, c’est une possibilité. Cependant, ces informations pourraient être utiles dans d’autres projets. Or, les champs « commentaires » sont rarement exploités. Les informations de sexe et de stade de vie peuvent être bancarisées plus proprement dans des champs dédiés : si vous avez le temps, il vaut donc mieux saisir une observation par stade de vie et sexe rencontré.


3. Analyse des données et valorisation des résultats

Tous les ans, la SHF coordonne les analyses des données POPReptile. Ces analyses permettent d’obtenir les tendances nationales des populations des reptiles de France, tendances actualisées régulièrement grâce à la compilation constante de nouvelles données. Dans certaines régions bénéficiant de suivis réguliers depuis plusieurs années, des tendances régionales sont également obtenues. L’ensemble des données recueillies participe donc à l’obtention des tendances nationales et régionales des reptiles de France métropolitaine.

Il n’est pas nécessaire de faire cette manipulation, car la SHF se charge chaque année de faire remonter les données POPReptile qu’elle gère au SINP national. Par ailleurs, cela risquerait d’entraîner des doublons, ce qui n’est pas souhaité.